大便常规检查中有霉菌，一般表明患了霉菌性肠炎。霉菌分为很多种，致病性霉菌有20余种，最常见的是白色念珠菌。患者需要采用抗真菌的药物进行治疗，如氟康唑、制霉菌素、克霉唑等。同时还应服用益生菌进行辅助治疗。
多数霉菌性肠炎患者会出现水样性大便，重者还会出现血样便，每天大便次数可达10余次。霉菌如果不及时治疗可出现全身症状，如厌食、呕吐，甚至会导致败血症、休克等。因此对于症状较为严重者首先应止泻治疗，如服用蒙脱石散。
如果经上述治疗无效或效果不明显，可以查明霉菌种类，应使用针对性的药物进行治疗，严重者还可通过静脉注射进行治疗。但需要注意的是抗真菌药物一般会影响到肾功能，如果副作用较为明显，建议更换药物，但所有用药需要在医生的指导下使用。